矮腳貓為異變的品種，至今仍未被公認為獨立的品種。短腳貓的出現其實早有前科，因為在1930年代的英國，就曾發現短腳的貓種；而且在1944年的曼基康貓獸醫記錄中，更曾經描述過四代遺傳的短腳貓。但是第二次世界大戰期間，便再也找不到這些短腳貓咪的蹤影了，不過在1953年，短腳貓再次在蘇聯的斯大林格勒出現過，但最后也不知道其行蹤。

曼基康矮腳貓的歷史起源很難追溯，很早以前就有過腿很短的貓咪的記錄，二戰后到上世紀八十年代年便消失掉了，直到1983年，桑德拉hockendal第一個發現并救出一個懷孕的流浪貓，其顯性特征表現腿短。這只黑色的貓咪很快生出了一窩與它同樣短腿的小貓。隨著時間推移，這群短腿小貓在桑德拉hockendal位于路易斯安那的種植園繼續繁衍。不久之后，這些貓咪引起了Dr. Solveig Pflueger （當時的臨床遺傳學家，在海灣國家醫療中心和塔夫茨教員）的注意，她開始了漫長的品種接納道路。她把它們命名為曼基康貓，也就是矮腳貓的祖輩。

矮腳基因是長腳的等位基因，在自然界中早就存在了，只是近幾年來被人類拿來繁育，從而進入了人類世界而已。目前沒有聽說過某個矮腳會發什么骨骼疾病，倒是兩矮腳的后代是不能存活的。有根據說是矮腳顯性，長腳隱性，顯性純合致死。